Фамилия Ковырушина — женская форма фамилии Ковырушин, которая образована от прозвища Ковыруша. Основа здесь — глагол «ковырять» (или его диалектный вариант «ковырушить»), то есть делать мелкую, кропотливую работу, копаться, выискивать. Прозвище Ковыруша могли дать человеку дотошному, въедливому, скрупулёзному — тому, кто не терпит недоделок и любит разбираться в мелочах. В некоторых говорах «ковыруша» — это ещё и тот, кто постоянно что-то мастерит, чинит, возится с инструментом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Ковырушин — сын или потомок Ковыруши. Фамилия относится к типично русским патронимическим фамилиям, которые закрепились в XVI–XVII веках, когда прозвища начали передаваться по наследству. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый или мягкий согласный, суффикс -ин характерен для основ на -а/-я, что здесь и видно.

Географически фамилия Ковырушин/Ковырушина встречается в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Это неудивительно: именно в этих краях диалектное слово «ковыруша» бытовало в значении «хлопотун» или «непоседа». Встречается и однокоренная фамилия Ковыряев, но Ковырушина — более редкая, с характерным «усечённым» суффиксом, что делает её отличимой.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или ремесленной среды. Прозвище не указывает на знатное происхождение, а наоборот, подчёркивает бытовую, хозяйственную черту — умение возиться с мелочами, что ценилось в деревенском обиходе. В архивных записях XVII–XVIII веков могли фигурировать как «Ковырушины крестьяне» из оброчных списков.

Если говорить о спорных моментах: изредка фамилию связывают с диалектным «ковыра» — так в некоторых местах называли корявый, кривой предмет. Но эта версия слабее, поскольку суффикс -уш- (в «ковыруша») указывает на деятеля, а не на предмет. Правдоподобнее всего именно глагольное происхождение.