Фамилия Ковырюшин — яркий пример того, как русская фамилия может хранить в себе не профессию или имя, а живое, меткое прозвище. Её основа — глагол «ковырять» (или его диалектная форма «ковырюжать»), который в народной речи имел несколько значений. Прямой смысл — «делать мелкую, кропотливую работу», «рыться в чём-то», «выковыривать». Но чаще слово использовалось в переносном, ироничном ключе: так называли медлительного, дотошного человека, который «ковыряется» в делах, или, наоборот, суетливого, постоянно что-то поправляющего.

Суффикс -юш- в основе «ковырюш-» — редкий и показательный. В русских прозвищах он часто придавал слову оттенок действия или свойства, иногда с пренебрежительной или уменьшительной окраской (сравните: «вертюк», «толстюга»). Таким образом, Ковырюша — это человек, которого охарактеризовали по его манере поведения. Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: от прозвища Ковырюша с помощью притяжательного суффикса -ин, который указывал на принадлежность: «сын Ковырюши». Вариант с -ов (Ковырюшов) теоретически возможен, но форма на -ин исторически чаще встречается в северных и центральных губерниях России, где прозвищные фамилии с таким суффиксом были особенно распространены.

Географически фамилия Ковырюшин не является массовой. Она встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. В говорах этих регионов слово «ковырюха» или «ковыря» могло означать не только человека, но и некий инструмент для ковыряния (например, кочергу или палку). Однако для фамилии более вероятна версия с прозвищем человека.

В отличие от фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров) или ремёсел (Кузнецов, Мельников), Ковырюшин стоит в ряду «характерологических» фамилий. Родственными по смыслу можно считать Ковыряева, Ковырзина, Ковылкина — все они построены на глаголе «ковырять» и его производных. Главное отличие Ковырюшина — именно в суффиксе -юш-, который делает прозвище не просто описанием действия, а цельным образом человека-«ковырялы». Сословной привязки у фамилии нет: прозвище могли дать как крестьянину-торопыге или задумчивому ремесленнику, так и дворовому слуге. В документах XVII-XVIII веков такая фамилия не фиксируется как аристократическая, что указывает на её простонародные корни.

Таким образом, предок современных Ковырюшиных, скорее всего, получил своё прозвище в бытовой, деревенской среде за особенность характера или манеру работы — неспешную, дотошную или, напротив, суетливо-мелкую. Фамилия сохранила этот оттенок живой народной речи.