Фамилия Ковырюшина образована от прозвища Ковырюша. В основе — русский глагол «ковырять», который в народной речи имел два основных значения. Первое — «копать, рыть, рыться в чем-то»: так могли назвать человека кропотливого, дотошного, любящего вникать в мелочи. Второе значение, более редкое, — «делать что-нибудь медленно, вяло», то есть прозвище могло указывать на медлительность или неспешность предка.

Интересно, что в говорах глагол «ковырять» имел и узкопрофессиональный смысл: «плести лапти». В старину говорили «ковырять лапти» — значит изготавливать их, перебирая лыко. Поэтому не исключено, что прозвище Ковырюша дали мастеру-лапотнику. Этот промысел был распространён повсеместно, и фамилия могла закрепиться за потомками человека, который кормил семью плетением крестьянской обуви.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Ковырюшин, то есть сын или дочь Ковырюши. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Сама форма Ковырюшина — женский вариант, но в быту фамилия чаще встречается в мужском роде: Ковырюшин.

Фамилия редкая, с яркой внутренней формой. В отличие от более распространённых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, Ковырюшина сохраняет оттенок прозвищности — не просто называет занятие, а рисует характер или манеру работы. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где лапотный промысел был особенно развит.