Фамилия Ковырюшина образована от прозвища Ковырюша, которое восходит к русскому глаголу «ковырять», то есть «копать, рыть, рыться в чем-то» или «делать что-нибудь медленно, вяло». Соответственно, данное прозвище может указывать на особенности характера предка. Также не исключено, что прозвище Ковырюша связано с древнерусским промыслом – изготовлением (или, как говорили в старину, ковырянием) лаптей – крестьянской обуви, плетёной из древесного лыка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковырюша, со временем получил фамилию Ковырюшина.