Фамилия Козачишен — одна из тех, где редкий суффикс сразу бросается в глаза. В ней не привычные -ов или -ин, а -ен, что характерно для украинской и белорусской традиции образования фамилий. Если разобрать слово по составу, основа — Козачиш-, а -ен — это вариант суффикса принадлежности, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Козачишен буквально означает «сын Козачиши» или «потомок Козачиши».

Само прозвище Козачиша образовано от слова «казак». Здесь важно не путать: в русском языке пишут «казак», но в украинских говорах и в старых документах встречается форма «козак» — через «о». Именно она и дала основу фамилии. Значение слова многогранно: в тюркских языках, откуда его заимствовали, kozak означает «скитаться, бродить», «смелый, проворный», «зверь, отлучившийся от стада», а также «неженатый, холостой». В славянской среде «казак» закрепилось как обозначение вольного человека, не привязанного к земле и не обременённого семьёй, часто — воина или сторожа.

Прозвище Козачиша, скорее всего, указывало не на род занятий в прямом смысле, а на характер: свободный, самостоятельный, склонный к бродяжничеству или военному делу. Такие прозвища давали людям заметным, с яркой биографией. Со временем оно стало основным именованием, а затем, по модели «прозвище + -ен», превратилось в фамилию Козачишен.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям — там, где суффикс -ен встречается чаще, чем в центральной России. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, род Козачишеных вёл начало из одного села или хутора.