Фамилия Козачишина — редкий пример, где суффикс работает громче корня. В ней не стандартное для русских фамилий окончание -ов/-ев или -ин, а характерный южнорусский и украинский суффикс -ишин (в мужском варианте — Козачишин). Такая модель образования фамилий особенно распространена на Слобожанщине, в Поднепровье и среди казачьих родов: суффикс -ишин/-ишина буквально означает «чей?» — то есть «сын Козачиши» или «жена Козачиши». Исходное прозвище Козачиша, от которого всё пошло, — это увеличительная или уважительная форма слова «казак».

Основа фамилии — «казак» — слово с богатой историей. В русский язык оно пришло из тюркских языков, где kozak могло означать «скитаться, бродить», «смелый, проворный», «зверь, отлучившийся от стада» или «неженатый, холостой». В XVI–XVII веках казаком называли не только вооружённого поселенца на окраинах государства, но и вольного человека, не привязанного к земле и не состоящего в крепостной зависимости. Прозвище Козачиша, вероятно, закрепилось за человеком, который либо служил в казачьем войске, либо отличался независимым, свободолюбивым нравом. Суффикс -иш- придавал прозвищу оттенок выделительности: так могли называть старшего, уважаемого казака или того, кто особенно ярко проявлял казачьи черты.

Фамилия хранит память о социальном статусе предка: в условиях, когда большинство крестьян были крепостными, прозвище, отсылающее к казачьей вольнице, звучало как заявка на особое положение. Потомок человека по прозвищу Козачиша со временем получил фамилию Козачишин, а его жена или дочь — Козачишина. В современных записях фамилия встречается преимущественно в форме женского рода, что нередко для фамилий на -ишин/-ишина: в быту и документах женский вариант зачастую вытесняет мужской, особенно если родовая линия передаётся по материнской линии.