Фамилия Кожаканова — женская форма фамилии Кожаканов, и её разбор стоит начать с основы, которая сразу отсылает к тюркским корням. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от прозвищ или профессий, здесь мы видим сложное слово: «кожа» и «кан» (или «хан»). Первая часть, «кожа», в тюркских языках означает «кожа», «шкура», а вторая, «кан» или «хан», — титул правителя, предводителя. Таким образом, исходное прозвище Кожакан (или Кожахан) могло означать «кожаный хан» — ироничное или описательное имя для человека, который либо торговал кожами, либо носил одежду из кожи, либо имел властный характер, но с намёком на нечто грубое, простое.

Модель образования фамилии типична для регионов с тюркским влиянием: к основе на -а/-я добавляется русский патронимический суффикс -ов (Кожаканов), а затем женское окончание -а. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться в среде, где русская административная система фиксировала тюркские имена и прозвища, — например, в Поволжье, на Урале или в Сибири, где татары, башкиры или казахи контактировали с русскими. Интересно, что суффикс -ов здесь не столько указывает на отчество (как у русских), сколько служит маркером фамильной записи: в XVII–XIX веках многие нерусские семьи получали фамилии именно по такому образцу.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная, но ономастически допустимая: «кожа» могло быть диалектным вариантом имени Кожа (сокращение от Кожаберген или Кожабай), где «кожа» — это «ходжа», то есть потомок пророка или духовное лицо. В этом случае Кожаканов — сын Кожакана, где «кан» снова титул. Но тогда прозвище звучало бы как «ходжа-хан» — слишком высокое для бытового употребления, поэтому версия с «кожей» как материалом выглядит правдоподобнее: такие прозвища давали по занятию или внешности.

Географически фамилия редкая, её можно встретить среди татар, башкир, а также в казахской среде, где она могла писаться как Кожаханова. В русском написании с буквой «а» в конце (Кожаканова) — это именно женская форма, и мужской вариант Кожаканов встречается ещё реже. Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, были ремесленниками, кожевниками или мелкими торговцами — люди, для которых кожа была делом жизни, а прозвище «кожаный хан» могло быть шутливым признанием их мастерства или упрямства.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, например Кожевников (чисто русская, от профессии) или Кожаев (тюркская, от имени Кожа), то Кожаканов стоит особняком: двойная основа и редкий суффикс -анов (не путать с -инов) указывают на смешанный этнический фон. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такой модели нет, что подтверждает её региональный, а не общерусский характер.