Фамилия Кожендаев — редкий случай, когда при очевидной основе сразу возникает несколько версий происхождения, и ни одна из них не выглядит натянутой. Разберёмся по порядку, начиная с самого надёжного.

Основа фамилии — «Кожендай». Суффикс -ай характерен для тюркских имён и прозвищ (ср. Бикбай, Кенжебай, Кудай). В тюркских языках этот компонент часто означает «богатый», «могучий», «господин» или служит ласкательным суффиксом. Первая же часть — «кожен» — может восходить к слову «кожа» (то есть «шкура», «кожевенное изделие»). В таком случае Кожендай — это прозвище кожевника или торговца кожами, данное с уважительным оттенком: «богатый кожей» или «кожевенный господин». Подобная модель широко распространена у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: ремесло или товар становились основой личного имени, а затем фамилии.

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия. «Кожен» может быть искажением арабского имени Хасан (через тюркское произношение Кожан, Кожен). Хасан означает «красивый», «хороший». В таком случае Кожендай — это сложное имя, где к «Кожен» (Хасан) добавили тюркский аффикс -дай/ -тай, который мог придавать значение «похожий на Хасана» или «как Хасан». Такие гибриды арабских и тюркских элементов — обычное дело в ономастиконе Поволжья и Урала.

Суффикс -ев в финале — не русский, а тюркский притяжательный суффикс, который в некоторых языках (например, в карачаево-балкарском или ногайском) даёт значение принадлежности. Однако в русской записи фамилий он часто сливается с русским патронимическим окончанием -ев. Фактически, Кожендаев — это «сын Кожендая», и фамилия закрепилась в той форме, в какой её записали при переписи или метрикации.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Челябинской области. Встречается она и у казахов (в форме Кожендай), но в русском написании с окончанием -ев чаще фиксируется у башкир и татар. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к тептярям или государственным крестьянам — людям, которые не были крепостными и занимались ремеслом, скотоводством или земледелием.

Таким образом, Кожендаев — фамилия с ясной тюркской структурой, которая почти наверняка указывает либо на профессию предка-кожевника, либо на его имя Хасан, адаптированное местной языковой традицией. Обе версии ведут в одну среду — в мир приуральских тюркских народов XVIII–XIX веков, где прозвища и имена сливались в одно целое.