Фамилия Кожухов — одна из тех, что рассказывают о ремесле или характерной одежде предка. В её основе лежит слово «кожух». В старину кожухом называли не только тулуп из овчины, но и кожаный мешок или чехол, а также верхнюю одежду, сшитую мехом внутрь. Прозвище Кожух могли дать человеку, который постоянно носил такой тулуп, либо мастеру, который их шил, — скорняку или кожевнику.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Кожух» добавили патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Кожуха). Таким образом, Кожухов — это потомок человека по прозвищу или имени Кожух. Интересно, что в древнерусских документах встречается не только прозвище, но и нецерковное имя Кожух: например, в новгородских берестяных грамотах XIV века упоминается некий Кожух, что подтверждает реальность такого имени.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «кожуха» — так в некоторых говорах называли змеиную кожуру, сброшенную при линьке. Но в качестве прозвища такой вариант редок и уступает по убедительности «одежной» версии.

Фамилия не относится к числу знатных или дворянских — это типичная фамилия крестьян и ремесленников. Встречается она повсеместно, но чаще в центральных и северных областях России, где было развито скорняжное дело. Однокоренные фамилии — Кожуховский (с польским суффиксом), Кожухин, Кожушаный — встречаются реже и указывают на ту же профессию или прозвище.