Фамилия Козикин произошла от нецерковного, мирского имени Козика. Такие имена были широко распространены на Руси до введения обязательных христианских имен и нередко выполняли роль оберега. Считалось, что, назвав сына Козикой (от слова «коза»), родители «обманывали» нечистую силу: она не позарится на ребенка с таким неблагородным именем и не навредит ему. Надеясь вырастить здорового и крепкого мальчика, родители давали ему имя-оберег, которое должно было отвести от него беды.

Корень «коз-» в основе фамилии указывает на прозвище или мирское имя, связанное с домашним животным. В русской ономастике это типичная модель: имена и прозвища от названий животных (Волк, Медведь, Заяц, Коза) давали не в обиду, а по древней славянской традиции тотемных имен. Суффикс «-ин» в фамилии Козикин указывает на принадлежность: «чей?» — «Козикин», то есть сын или потомок Козики.

По словообразовательной модели фамилия Козикин близка к таким фамилиям, как Козлов, Козин, Козьмин, но отличается именно суффиксом «-ик» в основе. Козика — уменьшительно-ласкательная форма от «коза», что говорит о том, что прозвище могло быть дано ребенку или невысокому, подвижному человеку. В некоторых говорах «козика» могло означать и шалуна, озорника.

Фамилия Козикин встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о ее давнем бытовании в непривилегированных сословиях. Дворянских родов Козикиных в истории не зафиксировано — фамилия оставалась крестьянской и мещанской.

Морфологически фамилия Козикин проста и прозрачна: основа «Козик-» плюс патронимический суффикс «-ин». Ударение, как правило, падает на второй слог: Кози́кин. В отличие от фамилий на «-ов», форма на «-ин» чаще образовывалась от имен и прозвищ, оканчивающихся на «-а» (Козика → Козикин), что характерно для северных и центральных регионов России.