Фамилия Козлакова — женская форма от Козлаков. Разбирать её стоит с мужского варианта, а он образован от прозвища или нецерковного имени Козлак. В основе лежит слово «козёл», и здесь не обошлось без путаницы: одни исследователи выводят Козлак напрямую от названия животного, другие — от диалектного «козлок», которое в некоторых говорах означало человека прямого и честного, но упрямого. Чередование «а» и «о» в корне — следствие акающего произношения: на письме закрепился тот вариант, который слышали писцы.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ак (как в Бородак, Гуляк) прибавлялся к основе «козл-», образуя прозвище Козлак. Затем к нему добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, получилась фамилия Козлаков — буквально «сын Козлака». Сама фамилия Козлакова, следовательно, отчество второго порядка: она указывает на внука (или дочь) того, кого звали Козлаком.

По происхождению прозвища возможны две версии, и обе правдоподобны. Первая: прозвище дали за сходство с козлом — упрямство, бодливость, резвость. Вторая: Козлак — это форма нецерковного имени Козёл, которое в Древней Руси давали детям как оберег или по языческой традиции. Такие имена не были редкостью: Козёл, Баран, Волк встречаются в документах XV–XVII веков. Фамилия Козлаков стоит в одном ряду с Козловым, Козликовым, Козляковым, но отличается именно суффиксом -ак, который в русской ономастике встречается реже, чем -ов или -ин.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где аканье — норма, а суффикс -ак продуктивен. Встречается она нечасто: в современных телефонных справочниках и базах данных носителей немного, что говорит о локальном бытовании в прошлом.