Фамилия Козубовкий — это, скорее всего, искажённый вариант написания фамилии Козубовский. Встречающееся окончание «-вкий» вместо «-вский» — типичная описка или результат упрощения произношения в документах XIX–XX веков (фонетическое «стяжение», когда «вс» звучит как «фк» и на письме закрепляется неверный вариант). Восстанавливать этимологию правильнее по исходной форме Козубовский.

Эта фамилия образована по стандартной польско-украинской модели с суффиксом -овский/-евский, указывающим на принадлежность к месту или роду. Основа — «Козуб» или «Козуба». В украинском и польском языках «козуб» — это корзина, кузов, плетёный короб (например, для сбора грибов или хранения зерна). Прозвище Козуб могли дать корзинщику, торговцу корзинами или человеку, который носил с собой характерную плетёнку. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным «козуб» — «неуклюжий, мешковатый человек» (от глагола «козубиться» — гнуться, горбиться). Третья версия — топонимическая: на Украине и в Польше есть несколько сёл с названием Козубы (например, в Житомирской и Львовской областях). Переселенец из такого села получал фамилию Козубовский.

Суффикс -ский в XVI–XVII веках был особенно популярен в шляхетской среде Речи Посполитой, но со временем распространился и среди крестьян и мещан, особенно на Правобережной Украине и в Беларуси. Так что носитель фамилии Козубовкий (Козубовский) мог быть как потомком ремесленника-корзинщика, так и выходцем из деревни Козубы. Вариант с «вкий» вместо «вский» чаще встречается в метрических книгах и переписях южнорусских и украинских губерний — это не ошибка переписчика, а именно народное произношение, закреплённое на письме.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Козубовский стоит в одном ряду с Козубом (без суффикса), Козубенко (украинский патроним), Козубец (уменьшительная форма). Все они восходят к одному прозвищу, но суффикс -ский придаёт фамилии оттенок «географической» или «дворянской» маркировки, хотя реальное сословное происхождение могло быть любым.