Фамилия Крапивенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын» или «потомок». Иными словами, Крапивенко — это «сын Крапивы». Такие фамилии были типичны для казацкой среды и крестьянства Левобережной Украины, где отчество на -енко постепенно закрепилось как наследственное.

Основой фамилии послужило прозвище Крапива. В народной культуре растение крапива имело двойственное значение: с одной стороны — жгучая, колкая, с другой — целебная. Давая ребёнку прозвище Крапива, родители могли желать, чтобы природа воспринимала его как своего, а сам он перенял жизненную силу и стойкость этого растения. Но не исключён и более практичный вариант: так могли прозвать народного целителя, травника или лекаря, который лечил крапивными припарками, настоями или использовал крапиву в обрядах. В народной медицине крапива применялась при ревматизме, для остановки крови и как общеукрепляющее средство.

Суффикс -енко в фамилии Крапивенко указывает на украинское происхождение. В России подобные фамилии встречаются в областях, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской, Ростовской, а также в Краснодарском крае, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. Встречаются однокоренные русские фамилии Крапивин, Крапивкин, Крапивников — они образованы от того же прозвища, но с помощью иных суффиксов, типичных для великорусской традиции. Фамилия Крапивенко сохранила именно украинский вариант оформления.

В документах фамилия встречается с XVIII века, но массово фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках XIX столетия. Несмотря на растительное происхождение, прозвище Крапива не было обидным — оно скорее подчёркивало связь человека с природой или его ремесло.