Фамилия Крапивина образована от нецерковного имени Крапива — так на Руси называли «растительные» имена, которые давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего и наделила полезными свойствами. Крапива — растение жгучее, колючее, и в народной культуре оно играло двойную роль: считалось и оберегом, отгоняющим зло, и «дьявольским» растением, связанным с чужим миром, но при этом символизировало плодородие.

Скорее всего, Крапивой прозвали человека с острым языком, язвительного или злого — по главному свойству растения «жечь». Но не исключено, что имя давали и с добрым умыслом, как оберег от сглаза. В пользу прозвищного происхождения говорят ранние письменные источники: Семён Дмитриевич Крапива Стародубский погиб в 1368 году в бою с литовцами на Холхле; Андрей Иванович Крапивин упоминается как помещик в 1500 году под Новгородом; Фёдор Крапивин — крестьянин 1536 года из Переяславля; Кропива — крестьянин 1624 года из Курмыша. Фамилия Крапивины встречается с конца XV века в Шелонской пятине Новгородской земли.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Крапивина — дочь или жена Крапивы, но в современном понимании это фамилия, закрепившаяся за потомками человека с таким именем или прозвищем. Таким образом, предки носителей фамилии Крапивина могли быть либо людьми с острым характером, либо теми, кого в семье прозвали Крапивой в качестве оберега, — и это имя перешло в фамилию, сохранив память о своём растительном корне.