Фамилия Красненкина — женская форма фамилии Красненкин. Её основа — слово «красный» в древнерусском значении «красивый», «парадный», «лучший». В этом ключевое отличие от фамилий, образованных от цвета как такового. Человек по прозвищу Красный или Красненький получал его не за рыжие волосы или румянец, а за стать, нарядность или особое положение, например, за службу у «красного крыльца» — парадного входа в княжеские палаты.

Модель образования — суффикс -енк(ин), характерный для восточноукраинских и южнорусских фамилий. Если бы фамилия возникла в центральной России, скорее всего, мы бы видели форму Краснов или Красин. Суффикс -енк- в основе Красненк- указывает на уменьшительную форму прозвища: Красненький, то есть «маленький красивый», «сын Красного». Финальный -ин — притяжательный суффикс, который буквально означает «чей?»: из семьи Красненка.

Географически фамилия тяготеет к бывшим землям Слобожанщины и Черноземья. В документах XVII–XVIII веков прозвища с корнем «красн-» часто встречаются среди служилых людей «по прибору» — стрельцов, пушкарей, казаков. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали у дворянства и крестьян центра, суффикс -енк-ин оставался маркером более позднего закрепления фамилий — в среде однодворцев и государственных крестьян юга.

Встречается и более прозаичная версия происхождения — от названия села Красненькое или Красненка. Таких топонимов несколько в Воронежской, Белгородской и Харьковской областях. В этом случае фамилия означает «выходец из Красного», и её носитель мог получить фамилию не по личному качеству, а по месту, откуда пришёл или где жил. Различить эти два пути без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно — оба правдоподобны и часто смешивались даже в одной местности.