Фамилия Красноперов — это типичный пример «говорящей» фамилии, которая строится по модели «прилагательное + существительное» с последующим присоединением патронимического суффикса -ов. В основе лежит прозвище Краснопёр (или Красноперый), которое разбирается на две части: «красный» и «перо». Только вот «красный» в древнерусском языке означало не только цвет, но и «красивый, лучший», а в некоторых говорах — «рыжий». Поэтому значений у прозвища набирается несколько.

Самая прямая версия: человека назвали Краснопёром за внешность — за яркие, рыжие волосы, которые сравнивали с красным оперением птицы. В вятских говорах так могли прозвать просто румяного человека. Другая версия, скорее характерологическая: прозвище прилипало к щеголям и любителям покрасоваться, то есть к тем, кто любил «распустить перья» — вести себя броско, беззаботно, привлекать внимание.

Есть и третья, более редкая гипотеза, которую поддерживают некоторые ономасты: прозвище могло быть мирским именем, образованным от названия рыбы красноперка. В старину на Руси было принято давать детям имена по названиям животных, птиц и рыб — считалось, что так природа примет ребенка за своего и передаст ему нужные качества. В этом случае Краснопёр — не про внешность или характер, а про пожелание удачи и связи с природой.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «Красноперов», то есть сын, потомок Краснопёра. Фамилия фиксируется в документах начала XX века, например, в Удмуртии (Красноперов Леонтий Афанасьевич, 1887 года рождения) и в Бейском районе (Красноперов Макар Гаврилович, 1916 года рождения), что говорит о её распространении в северных и центральных губерниях, а также в Приуралье. В написании встречается вариант с буквой «ё» — Краснопёров, но в современном делопроизводстве чаще закрепилась форма через «е».