Фамилия Красноперова — женская форма фамилии Красноперов, и оба варианта восходят к одному и тому же прозвищу. Чаще всего в основе лежит прозвище Красноперый, которое образовано от слов «красный» и «перо». В вятских говорах так могли назвать румяного человека. Но смысл мог быть шире: прозвище нередко давали по внешности — например, рыжеволосому, или по склонности покрасоваться, «распустить перья», то есть щеголю. Встречается и версия, что прозвище связано с рыбой красноперкой — в этом случае Красноперым могли прозвать рыбака.

Менее распространенный вариант — прозвище Краснопёр, где та же основа «красный» и «перо», но с другим ударением. Такое прозвище тоже могло указывать на щегольство или яркую внешность.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -ый давало фамилию на -ов (Красноперов), а женская форма образуется добавлением -а. Фамилия нередко встречается на Урале и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с вятскими говорами и рыболовным промыслом в тех краях. В любом случае, Красноперова — это фамилия, которая прямо указывает на яркую черту предка, будь то внешность, характер или занятие.