Фамилия Краснопёркина образована от прозвища Краснопёрка — так могли назвать человека с яркими рыжими волосами, похожими по цвету на перья краснопёрой рыбы, или же заядлого рыболова, который хорошо знал эту рыбу. Основа фамилии — прилагательное «красный» в значении «красивый, яркий» и существительное «перо», но не птичье, а рыбье: краснопёрка — это пресноводная рыба из семейства карповых, у которой плавники и хвост имеют красноватый оттенок. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Краснопёркин, то есть сын или потомок Краснопёрки. Женская форма Краснопёркина появилась как вариант по мужской линии, когда фамилию передавали жене или дочери.

Словообразовательная модель здесь редкая: прозвище от названия рыбы, а не от птицы или человека. В русских говорах «краснопёрка» — не только рыба, но и диалектное название некоторых растений с красными листьями или ягодами, но в основе фамилии скорее рыболовный контекст. В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована как широко распространённая — это локальный вариант, вероятно, из регионов с развитым рыбным промыслом: Поволжье, Приуралье или южные области России, где краснопёрка водится в изобилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Краснопёров, Краснопёрый — показывает, что модель на -ин встречается реже, чем на -ов, и обычно указывает на конкретное лицо, а не на родовой признак. Если Краснопёров могло быть прозвищем за цвет волос или оперение, то Краснопёркина почти наверняка отсылает к рыбе. Спорных версий немного: возможна связь с прозвищем за яркую одежду, но это менее вероятно, так как «пёрка» в русском языке не имеет значения «перо» в одежде, а только «перо» у птицы или рыбы.

География бытования фамилии невелика: в современных базах данных Краснопёркины встречаются в единичных записях по Пермскому краю и Нижегородской области, что подтверждает привязку к водоёмам. Никаких известных носителей с этой фамилией в публичном поле нет — это редкая, почти угасшая фамилия, сохранившаяся в нескольких ветвях.