Фамилия Краснопера — редкий случай, когда модель образования важнее основы. В русских фамилиях суффикс -а в именительном падеже почти всегда указывает на украинское или белорусское происхождение, реже на севернорусские говоры. Если бы фамилия была великорусской, мы бы увидели «Красноперов» (с суффиксом притяжательности -ов) или «Красноперый» (чистое прилагательное). Форма Краснопера — это либо усечённый вариант от «Красноперый» (как «Краснопёра» через ё), либо застывшая украинская фамилия без патронимического суффикса, что характерно для восточных и центральных областей Украины.

Основа прозрачна: «красный» и «перо». Но не спешите думать о птице. В говорах «красный» часто означало не цвет, а качество — красивый, дорогой, лучший. «Краснопёрым» могли прозвать человека с яркими, рыжими или русыми волосами и бровями — по аналогии с оперением птицы. Либо это прозвище охотника или рыболова, который добывал краснопёрку (рыбу семейства карповых). Вторая версия правдоподобнее: в украинских сёлах фамилии от названий рыб не редкость (Щука, Карась, Окунь), а «краснопера» — народное название плотвы или краснопёрки.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Сумской областям Украины, а также к югу Беларуси. В дореволюционных метриках встречается и в Воронежской губернии — туда переселялись малороссы. Сословный состав пёстрый: от казаков до крестьян, никакого дворянства.

Есть тонкость: в старых документах фамилию могли записывать как «Краснопёра» (с буквой ё), но при советской паспортизации ё часто заменяли на е. Поэтому часть носителей сегодня произносит «Краснопера» (с ударением на последний слог), а часть — «Краснопёра» (на второй). Ударение может подсказать регион предков: восточноукраинские говоры тяготеют к ударному окончанию.