Фамилия Красноперец — одна из тех, где прозвище застыло почти без изменений, а суффикс отсутствует. Это не типичная модель на -ов или -ин, а чистая основа, которая и стала фамилией. Такое чаще встречалось на западе и юге России, в среде казачества и крестьянства, где прозвища не переделывали в притяжательную форму, а оставляли как есть.

Корень разбирается прозрачно: «красный» и «перец». Но прозвище давали не за цвет овоща. Красным на Руси называли всё красивое, яркое, заметное — отсюда «красна девица» и «Красная площадь». А «перец» в переносном смысле значил человека острого на язык, едкого, задиристого. Красноперец — тот, кто «красный перец», то есть особенно язвительный, бойкий, с острым словцом. Такая характеристика легко приклеивалась к торговцам, приказчикам или просто людям с непростым характером.

Встречается другая, бытовая версия: прозвище могли дать рыжему или румяному человеку с «перченым» нравом. Но в ономастике принято связывать «красный» именно с качеством, а не с цветом волос, если нет прямых указаний. В словаре Б. Унбегауна фамилии на -ец с основой-прилагательным обычно относят к характеризующим прозвищам.

Географически фамилия редкая, но фиксируется в документах XVII–XVIII веков на юге России, в частности среди однодворцев и казаков. В переписных книгах могли записать «Красноперец» без изменений, а потомки так и остались с этой формой. Сегодня носители встречаются в центральных областях, на Дону и в Сибири — туда фамилию занесли переселенцы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Красноперов, Красноперцев) показывает разницу в суффиксах. Красноперов — типичная северная или центральная модель, где прозвище «Краснопер» (например, за яркий платок или рыжие волосы) превратили в притяжательное. Красноперец — южная, более архаичная форма, сохранившая прозвище целиком. Это редкий случай, когда фамилия не обросла суффиксом, а осталась в исходном виде, что делает её ценной для историков языка.