Фамилия Краснперов — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемой внутренней формой. Интуитивно хочется прочитать в ней корень «красн-» (от «красный»), но на деле перед нами, скорее всего, сложная основа, где первая часть — не цвет, а личное имя или прозвище.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «Краснпер-» плюс типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Краснпера). Суффикс -ов самый распространённый в русских фамилиях, но сама основа нестандартна. Скорее всего, в основе лежит прозвище Красн(ый) Пер(о) — «Красное Перо». Такие составные прозвища (Прилагательное + Существительное) в XVI–XVII веках давали людям по приметной черте: яркой одежде, особенности речи, внешности или роду занятий. «Красный» в старом значении — не только цвет, но и «красивый», «лучший», «парадный». А «перо» могло относиться к писцу, который пользовался красными чернилами (киноварью) для заглавных букв в книгах, либо к охотнику, добывавшему птицу с красным оперением, или к ремесленнику, делавшему перьевые ручки.

Менее вероятна, но не исключена версия, что фамилия восходит к тюркскому имени Кырасн (искажённое Кырым или Карасан) с русским переосмыслением под «красный». Однако отсутствие в документах XVII–XVIII веков варианта «Красно-перов» (через соединительную гласную) говорит о том, что прозвище бытовало как одно слово, без стяжения, и его записывали на слух.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Костромской, Ярославской, где были сильны традиции прозвищного именования и где встречаются схожие по структуре фамилии (Красножёнов, Краснощёков). В современных справочниках (например, в работе В. А. Никонова) фамилия не упоминается как массовая, что подтверждает её редкий, локальный характер.

Таким образом, носитель фамилии Краснперов с большой долей вероятности происходит от человека, которого в древности прозвали Краснпер — возможно, писца-каллиграфа, красильщика или просто обладателя приметной детали облика. Фамилия сохранила архаичное произношение без соединительной гласной, что делает её ценной для историков русского языка.