Фамилия Краснапёров — яркий пример прозвища, перешедшего в фамилию. В её основе лежит не имя, не профессия, а внешняя или поведенческая характеристика человека. Корень здесь — прилагательное «красный» в значении «красивый» (древнерусское «красный» означало именно красоту, а не цвет) и существительное «перо». Но не стоит сразу представлять птицу: «перо» в прозвищах часто имело переносный смысл — так могли назвать человека с яркой, броской одеждой, необычной причёской или даже с пышными усами и бородой, которые в народе сравнивали с оперением.

Модель образования типична для русских фамилий: основа «Краснопёр» (от «красное перо») плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Краснопёра). Однако написание через «а» — Краснапёров — выбивается из нормы. В литературном русском языке в безударной позиции после твёрдых согласных писалось бы «о» (Краснопёров). Вариант с «а» — это диалектная или просторечная черта, так называемое «аканье», когда в произношении «о» редуцируется до «а». Такое написание могло закрепиться в документах при переписи населения, если писарь записывал фамилию на слух, не сверяясь с орфографией. Это делает фамилию не просто прозвищной, но и исторически ценной как маркер говора предков.

Вероятнее всего, родоначальник получил прозвище за что-то приметное: либо он носил шапку с красным пером (что было редкостью и бросалось в глаза), либо славился красивым почерком (в среде писарей и грамотеев «перо» — инструмент, «красное перо» — каллиграфия), либо имел яркую внешность — рыжие или русые волосы, румянец. Менее вероятна версия о связи с породой птиц: в русских говорах «краснопёркой» называли не только рыбу, но и некоторых певчих птиц с красноватым оперением, однако прозвище по птице чаще давали за повадки, а не за цвет.

Фамилия редкая и географически привязана к северным и центральным областям России, где аканье было распространено: возможны корни в Вологодской, Костромской или Ярославской губерниях. Встречаются и однокоренные варианты — Краснопёров (нормативное написание), Краснопер, Краснопёрый. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвищные фамилии редко встречались у дворянства, которое чаще брало фамилии от вотчин или службы.