Фамилия Кратунко — характерный пример восточнославянской фамилии, сформированной по украинской или южнорусской модели. Её основа — корень «крат-», который в данном случае, скорее всего, не связан с современным значением «краткий» (короткий), а восходит к более древнему и конкретному прозвищу.

Наиболее вероятная версия происхождения — от слова «крат» в значении «раз, приём» или «поворот». В старину так могли назвать человека, который занимался каким-то повторяющимся действием, например, мельника («крат» — один оборот жернова) или ткача (один проход челнока). Однако правдоподобнее выглядит связь с диалектным глаголом «кратать» — «запирать, закрывать» или «укорачивать». В этом случае Кратун — прозвище сторожа, привратника или человека, который «укорачивал» путь, то есть шёл напрямик. Суффикс «-ун-» в украинских и белорусских фамилиях указывает на деятеля, склонного к постоянному действию: бегун, скакун, крикун. Кратун — тот, кто «кратает», запирает или укорачивает.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса «-ко», который в украинской традиции означает «сын» или «потомок» (как Ивашко — маленький Иван, а позже — сын Ивана). Таким образом, Кратунко — это «сын Кратуна», то есть потомок человека, носившего прозвище Кратун. Эта модель (основа на -ун + -ко) встречается реже, чем стандартные -енко или -ук, что делает фамилию более локальной и конкретной.

Географически фамилия Кратунко тяготеет к юго-востоку Украины и прилегающим областям России (Курская, Воронежская, Ростовская области). Встречается она нечасто, что говорит о её узком ареале возникновения. В сословном отношении носители такой фамилии, скорее всего, были из казачества или крестьян-однодворцев, которые в XVIII-XIX веках часто селились на южных границах государства.

Версия о связи с «кратким» (коротким) человеком менее убедительна: для обозначения низкого роста в восточнославянских фамилиях чаще использовались основы «мал-», «корот-» или «низ-». «Крат» в значении «короткий» — форма, свойственная скорее церковнославянскому языку, а не разговорной речи, из которой берутся прозвища. Поэтому версия с действием (запирать, укорачивать) или с повторяющимся движением (оборот, раз) выглядит исторически достовернее.