Фамилия Крестинин образована от прозвища Крестиня, которое восходит к существительному «крестины». В отличие от родильных обрядов, где часть действий обращена на родителей, в крестинах главный герой — ребенок: после обряда он становится членом коллектива христиан и получает имя. Прозвище Крестиня могли дать священнику, проводившему обряды, повитухе или одному из крестных родителей.

Словообразовательная модель здесь простая: основа Крестин- плюс типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Крестини). По этой же схеме построены фамилии на -ин от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а/-я (Кузьмин, Ильин). Суффикс -ин в фамилиях обычно закреплялся за основами женского или уменьшительного рода, что косвенно подтверждает: прозвище Крестиня могло быть скорее обиходным, чем официальным именем.

Фамилию Крестинин прославил Василий Васильевич Крестинин — историк Архангельского края, основатель исторического общества в Архангельске во второй половине XVIII века, член-корреспондент Академии наук. Эта фигура дает важную географическую привязку: северные русские земли, особенно Поморье, где фамилия бытовала исторически. В Архангельской губернии фамилия встречается в метрических книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков, что связывает ее с местным купечеством и мещанством, а не с дворянством.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования фамилий на Руси был длительным, но в случае Крестининых наиболее вероятна среда посадских людей и духовенства Русского Севера, где прозвища по церковным реалиям были естественны.