Фамилия Крестопанец — редкая, и её разговорная форма затмевает ясное происхождение. В основе, скорее всего, лежит прозвище или географическое название, а не прямое указание на крест как на религиозный символ. Первая часть — «крест» — могла относиться к перекрёстку дорог (от древнерусского «крест» в значении «пересечение»), а вторая — «панец» — вероятно, искажённое «панец» или «панець», что в южнорусских и украинских говорах означало «пан», «господин», «владелец». Таким образом, Крестопанец могло быть прозвищем человека, жившего на перекрёстке у пана, или же указанием на владение участком на перекрёстке.

Суффикс «-ец» указывает на принадлежность к месту или прозвищу: Крестопанец — «тот, кто с перекрёстка пана» или «сын Крестопана». Встречается и версия, что фамилия образована от полного имени-оберега Крестопан (Крест + Пан), но это менее вероятно: такие составные имена в славянской традиции редки, чаще они возникали как прозвища.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и белорусским землям, где были распространены польские и литовские влияния: «пан» — типичное обращение к шляхтичу, а «крест» в топонимике часто встречается в названиях сёл (Крестовка, Крестополье). Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, жившими на границе владений, у перекрёстка дорог, что и закрепилось в прозвище.

В написании возможна вариативность: Криступанец, Крэстопанец, но форма с «е» — наиболее устойчивая. Однокоренные фамилии — Крестовский, Крестинин, Панец — помогают увидеть, что Крестопанец стоит особняком, соединяя два разных корня в одном прозвищном слове.