Фамилия Крестьяников — из числа тех, что прямо указывают на социальное положение или род занятий предка. Её основа — прозвище Крестьяник, которое восходит к слову «крестьянин»: мужик, землепашец, селянин. В старину так могли назвать не просто любого пахаря, а человека, который либо сам был крестьянином по сословию, либо имел с этим положением устойчивую бытовую связь — например, служил у крестьян или жил в деревне, но не принадлежал к дворянству.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный (в данном случае «к»), и означал принадлежность — буквально «сын Крестьяника» или «из рода Крестьяника». Интересно, что сама основа «Крестьяник» не была широко распространена как самостоятельное имя или прозвище — это скорее редкая форма, образованная с уменьшительным или фамильярным суффиксом -ик. Чаще в документах встречались варианты «Крестьянин» или «Крестьян» в качестве прозвищ, а вот «Крестьяник» — более локальный и, возможно, диалектный вариант.

В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -иков обычно указывают на прозвища с суффиксом -ик, что подтверждает: Крестьяников — не единственный в этом ряду, но один из немногих, где корень отсылает к сословию, а не к имени или профессии. Поскольку крестьянство было основным податным сословием в России до 1861 года, фамилия могла закрепиться за потомками людей, которые либо выделялись среди односельчан особым статусом (например, зажиточные крестьяне), либо, наоборот, получили прозвище по своему основному занятию — земледелию.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России — там, где формировался основной массив крестьянских фамилий. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно позднем возникновении (XVII–XVIII века), когда прозвища уже начали закрепляться как наследственные, но ещё не были повсеместными.