Фамилия Крестьянкина — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя, не профессия и не прозвище по внешнему признаку, а социальный статус. Она образована от слова «крестьянин», причем не от привычного «крестьян», а от полной формы с суффиксом -ян- (сравните: мещане — мещанин, дворяне — дворянин). Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — крестьянкин, то есть сын или потомок крестьянина.

В русской ономастике фамилии от названий сословий встречаются, но обычно они оформлены иначе: Дворянинов, Мещанинов, Купецкий. Крестьянкина — скорее исключение. Она могла возникнуть в среде, где само слово «крестьянин» ещё не стало нейтральным, а сохраняло оттенок прозвища. В XVI–XVII веках крестьянами называли не всех земледельцев, а только тех, кто сидел на чужой земле и нёс повинности. Прозвище Крестьянка могли дать человеку, который подчёркнуто держался за крестьянский уклад, либо, наоборот, выходцу из крестьян, попавшему в иную среду — например, в посад или служилые люди.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где суффикс -ин в фамилиях особенно распространён. Встречается она нечасто, и это объяснимо: называть себя «крестьянским сыном» в официальных документах имело смысл только тогда, когда это выделяло человека из общей массы. После отмены крепостного права в 1861 году фамилия могла закрепиться уже как наследственная, без прямой связи с реальным сословием носителя.

Особенность фамилии — её «говорящий» характер. В отличие от большинства русских фамилий, где этимология затемнена, Крестьянкина сразу указывает на социальные корни. При этом она не содержит уничижительного оттенка: в старой России слово «крестьянин» означало «христианин» (от лат. christianus), и эта внутренняя форма могла осознаваться носителями фамилии как указание на веру, а не на податное состояние.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Крестьянинов, Крестьянский, — то Крестьянкина стоит особняком из-за суффикса -к-, который вносит оттенок уменьшительности или женского рода (в исходном прозвище Крестьянка). Возможно, фамилия пошла от женщины-крестьянки, что для патронимической системы редкость, но не исключено, если прозвище закрепилось за вдовой или за человеком, воспитанным матерью-крестьянкой.