Фамилия Крестьянкин — редкий случай, когда социальное положение предка прямо и без иносказаний перешло в родовое имя. В основе лежит слово «крестьянин», а суффикс -кин указывает на принадлежность: буквально «сын крестьянина» или «человек из крестьян». Модель образования та же, что у фамилий Бояркин, Мещанинов или Дворянкин, но Крестьянкин встречается гораздо реже — возможно, потому что сами крестьяне в массе своей до отмены крепостного права фамилий не имели, а называть так могли либо вольных хлебопашцев на севере, либо бывшего дворового, отпущенного на оброк.

Интересна морфологическая деталь: в фамилии сохранился суффикс -ян-, который в слове «крестьянин» исторически обозначал принадлежность к общине или роду занятий (сравните: горожанин, мещанин). При образовании фамилии окончание -ин из основы не отбросили, а нарастили поверх, что нетипично: обычно мы видим Крестьянов или Крестьянцев. Такое удвоение суффикса — признак более позднего, возможно, искусственного или канцелярского оформления фамилии в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по социальному статусу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было много государственных (не помещичьих) крестьян. Встречается она и в старообрядческой среде: у староверов слово «крестьянин» нередко означало не столько сословие, сколько «христианин» в народном произношении. Поэтому в некоторых случаях Крестьянкин может восходить к прозвищу за ревностную веру, а не к указанию на род занятий. Однако эта версия менее вероятна: в документах переписей и ревизских сказках фамилия последовательно фиксируется именно за крестьянским сословием, а не за духовенством.

Сравните с фамилией Крестьянский: та, с суффиксом -ский, обычно принадлежала священникам или семинаристам, которые брали благозвучную фамилию при поступлении в училище. Крестьянкин же — фамилия демократичная, без налёта искусственности. Её носитель почти наверняка был потомственным земледельцем, а сама фамилия закрепилась, когда односельчанам или писарю понадобилось отличить одного Ивана от другого: «Иван Крестьянкин» — то есть сын того самого крестьянина, в отличие от Ивана Кузнецова или Ивана Попова.