Фамилия Кропоткин образована от прозвища Кропотка. В старину кропотками называли неугомонных людей, так что прозвище указывало на особенности поведения предка. Скорее всего, основа — глагол «кропотать», который в разных говорах означал «хлопотать, заботиться, суетиться», а также «ворчать, брюзжать, сердиться». Значит, Кропоткой могли прозвать либо хлопотуна и заботливого человека, либо, наоборот, ворчливого и вечно недовольного. Менее вероятна связь с глаголом «кропить» (окроплять, брызгать): в этом случае прозвище могло стать профессиональным именованием карточного шулера, который помечал крапом карты. Есть и редкая версия — от слова «кропкий», то есть «ломкий, хрупкий», тогда Кропоткой называли худого и низкорослого человека.

Сама фамилия построена по типичной русской модели: к основе Кропотк- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кропоткин, то есть сын или потомок Кропотки). Такая модель особенно распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. По своему типу Кропоткин — типичная «прозвищная» фамилия, образованная не от крестильного имени, а от бытового прозвания, которое характеризовало человека по его нраву или поведению.

Самая известная историческая фигура с этой фамилией — князь Пётр Алексеевич Кропоткин, теоретик анархизма, географ и путешественник. Его происхождение из древнего княжеского рода, ведущего начало от смоленских Рюриковичей, не должно вводить в заблуждение: фамилия у этой ветви — не титульная, а тоже прозвищная, и закрепилась она за родом задолго до рождения знаменитого учёного.