Оно ведет свое начало от нарицательного "крупа" - «крупно смолотые хлебные зерна». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть быть крестьянином-хлебопашцем, мельником, либо торговцем крупами. Также Крупеней могли именовать того, кто занимался изготовлением крупенички. Кроме того, не исключено, что Крупеней называли человека небольшого роста или совсем еще незрелого, крошку.