Фамилия Крупинников принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от названия профессии или ремесла. Её основа — слово «крупинник». В старину так называли торговца крупой или человека, который занимался её производством: очищал зерно, дробил его, делал крупу. В некоторых говорах «крупинником» могли называть и мастера, изготавливавшего сита или решета для просеивания крупы. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был связан с обработкой зерна или его продажей.

Модель образования проста и характерна для русского ономастикона: к основе «крупинник» добавился патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность — «сын Крупинника». Фамилия Крупинников — «вторичная», то есть возникла не от личного имени или прозвища напрямую, а от уже готового названия занятия. Интересно, что у неё есть близкие «родственники»: Крупеников, Крупников, Крупкин. Все они восходят к одному корню — «крупа», но различаются суффиксами, что говорит о разных вариантах прозвищ в разных регионах.

В отличие от фамилий на -ский, которые чаще встречались у дворянства и духовенства, фамилии на -ов и -ев вроде Крупинникова были типичны для крестьян и посадских людей. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии начали закрепляться за крестьянами после переписей, прозвище Крупинник вполне могло перейти в фамилию без изменений, а затем получить суффикс -ов уже при оформлении в метрических книгах.

С географической точки зрения, корень «круп-» и его производные особенно распространены в центральных и южных губерниях России — там, где традиционно сеяли гречиху, просо и пшеницу. Встретить Крупинниковых можно в архивах по Воронежской, Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниям. Это не самая частая фамилия, но и не редкая — она плотно привязана к аграрной истории средней полосы.

Если рассматривать альтернативные версии, иногда фамилию пытаются связать с диалектным словом «крупинка» (мелкая частица) или с прозвищем мелкого, незначительного человека. Но эта гипотеза слабая: в русской ономастике прозвища от профессий давали фамилии гораздо чаще, чем прозвища по внешности, а суффикс -ник прямо указывает на деятеля, а не на признак. Поэтому версия о «торговце крупой» или «крупяном мастере» остаётся основной и наиболее правдоподобной.