Фамилия Крупинникова — женская форма фамилии Крупинников, и её происхождение напрямую связано с ремеслом. В основе лежит слово «крупинник» — так в русских говорах называли мастера, который производил крупу, то есть занимался обдиркой и переработкой зерна. В отличие от более распространённого «крупеник» или «крупчатник», форма «крупинник» встречается реже, что делает фамилию более редкой и локальной.

Модель образования типична для русских фамилий: сначала появилось прозвище Крупинник по профессии, затем от него образовалась фамилия с патронимическим суффиксом -ов (Крупинников), а потом и женский вариант на -а. Двойное «нн» в суффиксе — результат наложения: первое принадлежит основе «крупин-», второе — суффиксу «-ник». В разговорной речи фамилию могли упрощать до Крупиников, но в документах закрепился полный вариант.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где было развито мукомольное дело и крупообработка, — например, Вологодская, Костромская, Вятская области. Встречается она и в южнорусских регионах, но реже, так как там для обозначения того же ремесла чаще использовали слово «круподер» или «крупорушка».

Стоит отличать Крупинникову от однокоренных фамилий Крупин, Крупенин и Крупников. Первые две образованы напрямую от слова «крупа» или уменьшительного «крупина» (возможно, прозвище мелкого человека), а Крупников — от «крупник» (вариант названия мастера, но с другим суффиксом). Крупинникова — самая «профессиональная» из этой группы, прямо указывающая на занятие предка-крупяника.

Анализ по словарю Б. Унбегауна подтверждает, что такие фамилии на -ников возникали в среде ремесленников и крестьян, которые брали прозвище по делу, а не по имени отца. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней.