Фамилия Крупиноглу — редкий пример, в котором сталкиваются два совершенно разных языка. Если взглянуть на её состав, сразу заметна необычная конструкция: корень «круп-» или «крупин-» (русский, связанный с крупой или крупицей) и тюркский суффикс «-оглу» (сын). Такое сочетание почти всегда указывает на смешанное происхождение, чаще всего — на выходцев из среды, где русское имя или прозвище получило тюркское оформление.

Самая вероятная версия: фамилию дали по прозвищу Крупина. В русских говорах «крупа» и производные от неё обозначали либо мелкого, щуплого человека (как крупинка), либо того, кто торговал крупой или занимался её переработкой. Суффикс «-оглу» (встречается у гагаузов, болгар, татар, азербайджанцев) буквально значит «сын такого-то». Таким образом, Крупиноглу — это «сын Крупины». Вероятнее всего, фамилия сложилась у гагаузов или болгар, которые жили на юге Бессарабии (современная Одесская область, Молдова) и нередко заимствовали русские прозвища, добавляя к ним привычный тюркский патронимический суффикс.

Менее убедительна версия, что основа — турецкое «küp» (кувшин) или «küpeli» (серьга), но тогда форма была бы другой, без русского уменьшительного суффикса «-ин-». «Крупин-» явно выдаёт славянское происхождение корня.

Фамилия почти не встречается за пределами бывшей Бессарабии и нескольких областей Украины. Носители Крупиноглу — потомки крестьян или ремесленников, которые в XIX веке получили фамилию по прозвищу отца. Сословная принадлежность, скорее всего, была податной: государственные крестьяне или колонисты (гагаузы, болгары). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.