Фамилия Крупинская — женская форма фамилии Крупинский, и её происхождение, скорее всего, связано с географией. Самая прямая версия: фамилию образовали от названия населённого пункта Курпино (или Крупино). Такие топонимы встречаются в нескольких регионах России — в Московской, Ленинградской областях и в Республике Марий Эл. Если предок Крупинских родился или долгое время жил в одном из этих сёл, его могли записать как «Крупинский» — по модели, типичной для польской и западнорусской шляхты, а позже и для духовенства. Суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту, а не на отчество, поэтому фамилия говорит скорее о территории, чем о личном имени отца.

Но есть и другая версия, которая уводит в мир прозвищ и ремёсел. Основой могло стать слово «крупа». В этом случае прозвище Крупа давали либо торговцу крупой, либо тому, кто её изготавливал — например, делал крупеничку (кашу или блюдо из крупы). Однако прозвище могло быть и не профессиональным. В русских говорах «круп» — это широкая часть спины лошади, а «крупа» в переносном смысле — человек крепкий, широкоплечий, сильный. Тогда Крупой называли не за занятие, а за внешность или стать.

Какая из версий правдоподобнее? Топонимическая — чуть надёжнее, потому что фамилии на -ский в массе своей привязаны к названиям мест, а не к прозвищам. Но прозвищный вариант тоже возможен: он дал бы фамилию Крупин (через суффикс -ин), а Крупинский мог появиться как вторичная форма — от той же основы, но по другой модели. В любом случае, оба корня (крупа и Курпино) звучат близко, и путаница между ними в документах прошлых веков вполне вероятна.

Словообразовательно фамилия устроена просто: основа (Крупин-) плюс типичный суффикс притяжательных прилагательных -ск- и окончание -ая. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Крупи́нская, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый.