Фамилия Крыштопов — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она кажется «тёмной», с корнем «крыш-» (как крыша или крышка), но на деле её основа — личное имя Крыштоф, белорусский или польский вариант имени Христофор. В переводе с греческого Христофор означает «несущий Христа». Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Крыштоп добавили патронимический суффикс -ов, то есть буквально «сын Крыштопа». Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Кр́ыштопов.

География фамилии выдаёт её западнорусское или белорусское происхождение. Имя Крыштоф было широко распространено в Речи Посполитой, а после разделов Польши перекочевало в быт крестьян и мещан западных губерний Российской империи — Витебской, Могилёвской, Минской, а также на Смоленщину и Брянщину. Там, где православные и католики жили вперемешку, имя Крыштоф легко русифицировалось, превращаясь в фамилию через суффикс -ов, а не через польское -ский или -евич.

Интересная деталь: в русской традиции имя Христофор было редким, почти исключительно монашеским или церковным. А вот в западнорусских землях, под влиянием католичества, оно стало народным, бытовым. Поэтому фамилия Крыштопов — не про церковь, а про обычного человека, которого в деревне звали Крыштопом. Сравните с однокоренными: Криштопов, Криштофов, Христофоров — все они восходят к одному источнику, но Крыштопов сохранил наиболее «необработанный» вариант имени.

Споров о происхождении почти нет. Версия, что фамилия связана с украинским «кришталь» (хрусталь) или с глаголом «крыть», слаба: в таком случае мы бы видели суффикс -ев или -ин (Крышов, Крышев), а не -опов. Суффикс -оп- (от -оп) — это именно усечённая форма имени, типичная для народной ономастики. Так что предки носителя фамилии Крыштопов — скорее всего, крестьяне или мещане с запада России или востока Беларуси, носившие когда-то имя, которое в остальной России почти не встречалось.