Фамилия Крысун — одна из тех, что вызывает улыбку или недоумение, но за ней стоит вполне конкретная логика прозвищной традиции. В её основе — слово «крыса». Однако, в отличие от современных ассоциаций, в народной среде это прозвище не обязательно носило резко отрицательный оттенок. «Крысуном» могли назвать человека за внешнее сходство: маленького, юркого, с острыми чертами лица, или за привычку таскать по мелочам, «крысятничать». В некоторых говорах слово «крысун» фиксировалось как обозначение не столько животного, сколько вороватого, пронырливого человека.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов/-ев, -ин. Крысун же использует суффикс -ун, который в русском языке характерен для прозвищ и имён по действию: бегун, крикун, говорун, ворчун. Этот суффикс придаёт основе оттенок деятеля, склонного к постоянному действию или обладающего ярким качеством. Таким образом, Крысун — это не просто «относящийся к крысе», а скорее «тот, кто ведёт себя как крыса» или «обладающий чертами крысы». Фамилия закрепилась без дополнительного фамильного суффикса, что встречается реже и указывает на её позднее оформление или на происхождение из среды, где прозвище стало фамилией напрямую (например, у казаков или в некоторых северных регионах).

В ономастике фамилии с суффиксом -ун принято относить к так называемым «усечённым» или «прозвищным» фамилиям. Исследователь Б. Унбегаун в своём труде «Русские фамилии» отмечал, что подобные образования (Прыгун, Скакун, Грызун) характерны для непринуждённой, бытовой номинации. Они редко встречаются в дворянской среде, но широко бытуют среди крестьянства и мещанства. Фамилия Крысун могла возникнуть в любой местности, где было распространено образное мышление при создании прозвищ.

Географически фамилия редкая, но не единичная. Встречается преимущественно в южнорусских и украинских областях, а также в Сибири, куда прозвища переселенцев «уходили» в готовом виде. Сравнение с однокоренными фамилиями (Крысов, Крысин, Крысенко) показывает, что Крысун стоит особняком: она не указывает на родство с конкретным человеком (как Крысин — «сын Крысы»), а характеризует самого носителя. Это делает её более яркой, личной и, возможно, более древней по духу — прозвище, которое приклеилось к одному человеку и осталось его потомкам.

Версия о связи с тюркскими или иными корнями маловероятна: слово «крыса» общеславянское, а суффикс -ун исконно русский. Никаких документальных подтверждений иной этимологии не существует, так что основная и единственная версия — прозвищная, от названия грызуна.