Фамилия Крысы — редкая и внешне необычная, но её происхождение объясняется просто: это форма родительного падежа единственного числа от прозвища или имени Крыса. То есть «Крысы» буквально означает «чьи? — Крысы», «из семьи Крысы». Такая модель образования фамилий встречается в основном в украинской и белорусской традиции, где фамилии на -ы, -о, -а распространены шире, чем в великорусской. Поэтому, скорее всего, предки носителя фамилии происходят с территории современной Украины, Беларуси или южных областей России.

Прозвище Крыса могло иметь несколько смыслов. Самое прямое — человек, похожий на крысу внешне или по поведению: юркий, пронырливый, хозяйственный, а может, и нечистый на руку. В русских говорах слово «крыса» иногда означало не только грызуна, но и мелкого вора, пройдоху. Однако не исключён и более нейтральный вариант: в некоторых диалектах «крысой» называли человека с острыми чертами лица, маленькими глазами или даже просто невысокого ростом.

Интересно, что фамилия Крысы почти не встречается в официальных списках распространённых русских фамилий. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она попадается редко, чаще — в форме Крысов или Крысин. Это говорит о том, что Крысы — вариант, сохранившийся либо в очень локальной местности, либо возникший в результате поздней паспортизации, когда фамилию записали в той грамматической форме, в которой её произносили в быту. Например, в украинских сёлах могли сказать: «Це хата Крысы», и при переписи фамилию зафиксировали как есть.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Крысы стоит особняком. Крысов — типичная русская фамилия с суффиксом -ов, Крысин — с суффиксом -ин, а Крысы — это как раз тот случай, когда прозвище не переделали в притяжательную форму на -ов/-ин, а оставили в исходном падеже. Такое встречается у фамилий типа Хмара, Ворона, Сова, но с окончанием -ы — редкость. Так что носитель фамилии Крысы может с уверенностью говорить, что его предки не пошли по пути стандартной русификации и сохранили в фамилии живую разговорную форму.