Фамилия Ксенцова — женская форма от Ксенцов, и её разговорное звучание почти полностью стёрло первоначальную основу. В основе лежит не имя Ксения, как можно было бы подумать, а западнорусское или белорусское прозвище Ксёндз (пол. ksiądz — «священник»). В белорусском и польском языках слово «ксёндз» означает католического священника, и именно от него образовалась фамилия Ксенц (или Ксендз) через типичный восточнославянский суффикс -ов/-ев. Ксенцов, таким образом, — «сын ксёндза» или «человек, связанный со священником».

Интересно, что фамилия Ксенцова почти не встречается в центральной России, но довольно распространена на западе — в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси. Это указывает на её происхождение в зоне культурного и языкового контакта с польским влиянием. Здесь прозвище Ксёндз могли дать не только самому священнику, но и его работнику, прихожанину, или даже человеку, который чем-то напоминал ксёндза — например, носил длинную одежду или имел важный вид.

Встречается и более редкий вариант написания — Ксендзов, который прямо сохраняет исходное «дз». Но форма Ксенцов (и Ксенцова) — результат упрощения: сочетание «дз» в русском языке часто переходило в простое «ц», как в фамилиях Белоцерковский (от Белая Церковь) или Головацкий. Так что Ксенцова — это не искажение, а естественная фонетическая адаптация.

Если смотреть на социальный состав носителей, то среди Ксенцовых в XIX веке преобладали крестьяне и мещане западных губерний. Дворянских родов с такой фамилией почти нет — это фамилия простых людей, чьи предки жили рядом с костёлом или в католическом приходе.