Фамилия Кубатеевы — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её основу — слово «кубатей» или «кубатый» — и вспомнить, как в русских говорах называли невысоких, коренастых людей.

В основе фамилии лежит прозвище Кубат или Кубатей. В диалектах русского языка, особенно северных и сибирских, «кубатый» означало «полный, толстый, пухлый», а также «коренастый, приземистый». Слово родственно «кубышке» — невысокому полному сосуду или человеку такого же телосложения. Таким образом, прозвище давали человеку плотного, крепкого сложения, невысокого роста. Суффикс -ей в прозвище Кубатей — характерная народная форма, как, например, Бородей или Городей.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кубатей добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Кубатеев). Окончание -ы во множественном числе — типичная форма для обозначения целого рода или семьи (Кубатеевы — «семья Кубатея»). В документах фамилия могла фиксироваться и в единственном числе: Кубатеев.

Версия о тюркском происхождении (от слова «куба» — бледный, светлый) менее убедительна. Во-первых, в тюркских языках нет типичной модели образования фамилий с суффиксом -ей. Во-вторых, для русских фамилий на -ев гораздо естественнее опора на славянское прозвище, тем более что «кубатый» — слово, хорошо задокументированное в русских говорах. Поэтому версия с коренастым человеком — основная.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ев в массе своей закрепились за простым населением в XVII–XIX веках, когда прозвище отца (Кубатей) стало передаваться детям как родовое имя.

Географически фамилия тяготеет к северу России — Вологодской, Архангельской областям, а также к Сибири, куда переселенцы принесли свои говоры. Встречается она нечасто, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы Кубатеев, ваши корни, скорее всего, ведут в крестьянскую среду русского Севера или старообрядческие общины Сибири.