Фамилия Кубатулина образована от прозвища или личного имени Кубатул. Её форма указывает на женскую линию, то есть это вариант фамилии Кубатулин, закреплённый за женщиной или в документе, где фигурирует женщина (жена, вдова, дочь). Основная мужская форма — Кубатулин. Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Кубатул- плюс суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Кубатула).

Сам корень Кубатул- скорее всего тюркского происхождения. В тюркских языках распространены имена и прозвища, состоящие из двух частей: «куба» и «тул». «Куба» в ряде тюркских наречий значит «бледный», «светлый», «серый» или «сивый» (масть лошади). Вторая часть — «тул» — может восходить к слову «тол» (язык) или «тул» (вдовец, вдова). Однако более вероятно, что это сложносоставное имя, где «куба» выступает определением к «тул» — например, «светлый язык» (метафора красноречия) или «сивый вдовец» (прозвище по внешности или судьбе). В ономастике есть параллели: фамилия Кубатулин встречается среди татар, башкир и казахов, что подтверждает тюркскую основу.

Регионально фамилия Кубатулина (Кубатулин) тяготеет к Поволжью и Уралу, особенно к Башкортостану и Татарстану. В дореволюционных переписях такие фамилии часто фиксировались у крестьян и мещан, но могли встречаться и у служилых татар. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от слов с конечным согласным, и в тюркских заимствованиях он встречается реже, чем -ов, что делает Кубатулина несколько нестандартной формой — возможно, результат русификации через крещение или адаптацию в русскоязычной среде.

Спорных версий немного. Можно было бы предположить, что основа «кубат» — арабское «кувват» (сила, мощь), но тогда форма была бы Кубатов или Кубатуллин (с аффиксом принадлежности -улла). Более правдоподобна именно тюркская версия с двухкорневым сложением. В словарях тюркских личных имён (например, у Гафурова или Саттарова) встречаются имена типа Кубат, Кубатулла, но Кубатул без «-ла» — редкий вариант, что добавляет фамилии уникальности.

Таким образом, предки носительницы фамилии Кубатулина, скорее всего, были тюркоязычными людьми (татары или башкиры), носившими прозвище Кубатул — возможно, за светлые волосы или особую манеру речи. Фамилия закрепилась в мужской форме Кубатулин, а Кубатулина — её естественное женское окончание, которое сегодня воспринимается как самостоятельная фамилия.