Фамилия Кубатьян сразу выдает свои корни: это армянская фамилия, образованная с помощью типичного восточноармянского суффикса -ян (в западном варианте — -янц). Суффикс означает «принадлежащий к роду» или «потомок», то есть Кубатьян — буквально «из рода Кубата» или «сын Кубата». В русском языке такие фамилии часто получали окончание -ов или -ев при русификации, но Кубатьян сохранила исконную форму, что говорит о сравнительно позднем появлении её носителей в русскоязычной среде или о стойкой национальной традиции.

Основа фамилии — личное имя Кубат. В армянском языке это имя имеет тюркское происхождение (восходит к слову «кубат» — «счастье, удача, мощь»). Имя было распространено среди армян, живших в регионах с сильным тюркским влиянием — в Западной Армении, а также в областях, входивших в состав Османской империи и Персии. Позже, в XIX–XX веках, армяне с таким именем переселялись на Кавказ и в южные губернии Российской империи.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Кубатьян — фамилия патронимическая, то есть по отцу. Это значит, что предок носителя фамилии, судя по всему, не имел ремесленного или сословного прозвища, а был назван просто по имени Кубат. Такая модель типична для армянской ономастики, где фамилии часто фиксируют имя родоначальника, а не его занятие.

Географически фамилия Кубатьян встречается в основном у армян, чьи предки происходили из исторической Западной Армении (районы Вана, Эрзурума, Мараша) или из Нагорного Карабаха. В России и странах бывшего СССР носители фамилии рассеяны, но заметных гнезд не образуют — это скорее редкая фамилия, нечасто встречающаяся даже в армянской диаспоре.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна и не содержит спорных элементов. Если и существует версия о её возможном арабском или персидском заимствовании (через имя Кубат), то она не противоречит основной: и в том, и в другом случае основа восходит к понятию «удача» или «могущество». Таким образом, фамилия Кубатьян — это армянская родовая фамилия со значением «потомок счастливого» или «потомок могучего».