Фамилия Кубенбаева — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского имени. Её основа — мужское имя Кубенбай, которое состоит из двух частей: «Кубен» и «бай». Первая часть восходит к тюркскому слову «көбен» (в разных диалектах — «көбін», «күбен»), означающему «мотыль», «бабочка» или, в переносном смысле, «неустойчивый», «легкий». Вторая часть — «бай» (богатый, господин, хозяин) — один из самых распространенных компонентов в тюркской антропонимии, указывающий на статус, достаток или пожелание благополучия.

Таким образом, имя Кубенбай могло иметь два смысловых оттенка. Первый — пожелательный: родители надеялись, что мальчик будет таким же легким и подвижным, как бабочка, но при этом станет уважаемым человеком («богатым»). Второй — обережный: в некоторых тюркских культурах детям давали «невесомые» имена (связанные с насекомыми, птицами, ветром), чтобы отвести от них сглаз и злые силы. Считалось, что злые духи не заинтересуются ребенком с «пустым» или «легким» именем.

Суффикс -ева указывает на принадлежность: в русской грамматике фамилия Кубенбаева — это форма женского рода, образованная от мужской фамилии Кубенбаев. Сама модель Кубенбаев строится по типичному для тюркоязычных народов, вошедших в состав Российской империи, способу: к имени Кубенбай прибавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких основ). В казахском, башкирском или татарском языках такая фамилия звучала бы как Кубенбайұлы или Кубенбай кызы, но при документировании в XIX–XX веках её «обрусили».

Географически фамилия Кубенбаева наиболее характерна для казахов и башкир. Встречается в западном Казахстане (Актюбинская, Западно-Казахстанская области) и в Оренбуржье, где исторически были сильны контакты между кочевым и оседлым населением. В русских переписях XIX века такая фамилия почти не фиксируется — она появилась в основном в советских паспортных столах, когда всех тюркских мужчин записывали с окончанием -ев/-ов, а женщин — с -ева/-ова.

С точки зрения социального статуса, предки носительницы фамилии Кубенбаева, скорее всего, были скотоводами или мелкими землевладельцами. Имя «бай» в составе фамилии не обязательно означает реальное богатство — в кочевой среде так называли любого зажиточного хозяина, а позже это слово стало просто частью личного имени. Устойчивых дворянских родов с такой фамилией не известно: она оставалась в крестьянской и аульной среде вплоть до XX века.