Фамилия Кубенкулова встречается редко, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. В основе лежит мужское имя Кубенкул, которое образовано по распространённой в казахской, башкирской и татарской среде модели: «Кубен» (возможные значения — «вздымающийся», «могучий», вариант имени Кобей) + «кул» (от «кол» — раб, слуга). В составных тюркских именах «кул» давно утратило негативный оттенок и означало «человек, посвящённый Богу», «верный служитель». Таким образом, Кубенкул — это «могучий слуга» (подразумевается слуга Всевышнего).

Формант «-ова» в конце — это русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. Кубенкулова — «дочь (или жена) Кубенкула». Такое оформление характерно для фамилий, которые закрепились у тюркоязычных народов в период Российской империи, когда при переписях и в документах к родовому имени механически добавляли русское окончание. Важный нюанс: в исходном варианте фамилия может звучать как Кубенкулов, а форма на «-а» — это женский вариант, который в русском языке стал использоваться как паспортная фамилия для женщин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили казахи, башкиры или ногайцы: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Западный Казахстан. Сравните с однокоренными фамилиями: Кубенов, Кубенбаев, где корень «кубен» тот же, а вторая часть меняется. Встречается также вариант написания Кубенкул (без суффикса) — это более архаичная форма, сохранившаяся у некоторых семей, не прошедших русификацию.

Социальный статус предков скорее всего был связан с кочевым или полукочевым скотоводством, ремеслом. Среди носителей имени Кубенкул не было знатных княжеских родов — это имя бытовало в среде простых общинников. Фамилия не датируется точно, но процесс её закрепления шёл в основном в XIX — начале XX века, когда крестьян и казахов приписывали к волостям и давали фамилии по отцу.