Фамилия Кученева — редкий случай, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ева указывает на принадлежность к женскому роду, а мужской вариант этой фамилии — Кученев. Суффикс -ев, а не -ов, выдает основу на мягкий согласный или шипящий: в данном случае на -ч. Это значит, что в основе лежало слово или прозвище, оканчивающееся на -чь или -ч. Чаще всего так образовывали фамилии от мирских имен, прозвищ или, реже, от географических названий.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Кучень. В русских говорах «куча» — это не только груда чего-то, но и группа людей, сборище, а также неопрятный, взлохмаченный человек. Прозвище Кучень могли дать человеку с густыми, торчащими волосами или тому, кто постоянно суетился и «кучился» (собирался вместе с другими). Глагол «кучиться» означал ютиться, толпиться, просить, кланяться. Таким образом, предок Кученевых мог быть либо человеком с заметной внешностью (лохматый, косматый), либо по характеру — навязчивым просителем или, наоборот, тем, кто всех собирал вокруг себя.

Менее распространенная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским словом «кучень» (щенок). В этом случае прозвище носило бы ласкательно-ироничный оттенок и могло относиться к молодому или неопытному человеку. Однако для русской ономастики такая модель с суффиксом -ень характерна скорее для прозвищ от прилагательных (милый — милень, худой — худень), чем от названий животных.

С географией фамилии Кученева все непросто. В открытых источниках она встречается крайне редко, что говорит о ее локальном бытовании. Основные следы ведут в центральные регионы России, а также в Поволжье, где фамилия могла возникнуть независимо от столичных областей. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывают на дворянское или духовное происхождение, Кученева — типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища в бытовой среде.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кученев стоит в одном ряду с Кучевым, Кучковым, Кучерявым. Но суффикс -ень делает ее более редкой и «интимной» — такие прозвища давали в узком кругу, в семье или небольшой деревне. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает ее простонародное происхождение. Для носителя фамилии это значит, что его предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось за ними из-за внешности или манеры поведения.