Фамилия Кученина — женская форма мужской фамилии Кученин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, лежащим в основе. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «чей?» — «Кученин», а Кученина — «дочь или жена Кученина». Основа — «Кучен», которая может быть либо усечённой формой имени, либо самостоятельным прозвищем.

Самый вероятный корень — глагол «кучить» в его диалектном значении. В русских говорах «кучить» означало «копить, собирать, нагромождать», а также «торопить, понукать». Отсюда «куча» — не просто груда, а в переносном смысле «скопище, толпа». Прозвище Кучен мог получить человек суетливый, непоседливый, либо, наоборот, тот, кто постоянно что-то накапливал — запасливый хозяин. Второй вариант — от слова «кука» (кулак) в ряде диалектов, но это менее вероятно, так как форма «Кучен» чаще связана с действием.

Если отталкиваться от личных имён, то Кучен могло быть производным от канонического имени Никита (через форму Микита → Микуча → Куча). В старых документах встречаются прозвища Куча и Кучка, а Кучен — ласкательный вариант. Прямых параллелей с тюркскими корнями (например, «куч» — сила) для этой фамилии нет, так как суффикс -ен типичен именно для русской народной ономастики.

Географически фамилия Кученин (и Кученина) тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Кировской областям. Там «кучить» активно употреблялось в речи. Встречается и в украинских говорах, но в значении «торопить» — это объясняет возможные миграции.

Сословно носители фамилии в основном были крестьянами и мещанами. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Кучениных в Заонежье, но без точных дат — лишь как пример бытования. Сегодня фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, что делает её интересной для локальных генеалогических поисков.