Фамилия Кудешов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается совсем не славянская основа. Чаще всего её возводят к еврейской фамилии Кудеш, а ту, в свою очередь, — к названиям молитв «Кадиш» или «Кидуш» (с древнееврейского — «священный»). В Торе предписано освящать субботу особым ритуалом Кидуш («Освящение»), который произносят над кошерным красным вином или виноградным соком. По этой версии, предок носителя фамилии был связан с синагогальной службой, а сама фамилия — из числа тех, что давали по ключевым религиозным понятиям.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилию русифицировали: к исходной форме Кудеш добавили стандартный русский патронимический суффикс, означающий «сын» или «принадлежащий». Так фамилия вписалась в привычную модель русских фамилий, хотя корень у неё иной.

Существует и другая версия — славянская, но она заметно уступает первой по убедительности. Согласно ей, фамилию могли образовать от «охранительного» имени Кудеш, которое давали ребёнку, чтобы обмануть злых духов. В основе этого имени лежит название славянского злого духа, беса — «куд». Родители, надеясь вырастить здорового и красивого мальчика, нарекали его таким именем-оберегом. В этом же ряду лежит и возможное прозвище Кудеш для знахаря, который «кудесил» — колдовал, ворожил.

Однако в пользу еврейской версии говорит и география фамилии: Кудешовы нередко встречаются в регионах бывшей черты оседлости, где еврейские фамилии активно адаптировались к русской языковой среде. Вторая версия, хоть и красивая, опирается на редкое и почти не зафиксированное в документах имя, тогда как связь с религиозным термином «Кидуш» прослеживается чётче и подтверждается ономастическими параллелями.