Фамилия Кудяева образована от мужского имени или прозвища Кудяй. Основа здесь — тюркское имя Кудей (Кудай), которое в переводе означает «бог», «всевышний». В татарской и башкирской среде такие имена давали с пожеланием божественного покровительства. В русской ономастике это имя закрепилось через контакты с тюркскими народами, особенно в Поволжье и на южных окраинах Московского государства.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на -й. Фонетический переход Кудай → Кудяй — результат аканья и смягчения согласного, что характерно для южнорусских и среднерусских говоров. Поэтому фамилия Кудяева не обязательно указывает на татарские корни носителя: её мог получить русский человек, носивший прозвище Кудяй, которое в народе иногда давали человеку с повадками «божьего человека» — смиренному, набожному или, наоборот, чудаковатому.

Встречается также версия, что Кудяй — это вариант имени Никодим, переработанный в просторечии. Но эта гипотеза менее убедительна, так как фонетический путь от Никодима до Кудяя сложен и не имеет массовых параллелей. Более вероятно, что перед нами прямое заимствование из тюркского ономастикона, адаптированное русским языком.

Сословно фамилия Кудяева не привязана к дворянству: её носители — в основном крестьяне и мещане. В документах XVIII–XIX веков она фиксируется в Симбирской, Казанской и Оренбургской губерниях, что подтверждает её приволжское происхождение. Сегодня это редкая фамилия, и у неё нет широко известных исторических деятелей — что, впрочем, не умаляет её ценности как свидетельства давних культурных связей между славянским и тюркским миром.