Фамилия Кудяшев построена по типичной русской модели: основа плюс суффикс -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Кудяш. Это уменьшительно-пренебрежительная или просто обиходная форма от канонического имени Никодим. В народной речи имя Никодим сокращалось до Кодим, а затем, с типичным для русских говоров чередованием, до Кудим. Дальнейшее уменьшение дало Ку́дя или Кудя́ш — так в быту могли звать мальчика или взрослого человека, которого в семье или в деревне называли ласково, но без особого официоза.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую приводят ономасты, работавшие с тюркскими заимствованиями. В ряде тюркских языков (например, в татарском или башкирском) слово «кудяй» означает «бог» или «господь». Соответственно, Кудяш могло быть прозвищем, данным набожному человеку, или же частью составного имени (вроде Кудяш-бай). Эта версия правдоподобна для фамилий, бытующих в Поволжье и на Урале, где русское население веками соседствовало с тюркским. Однако в центральных и северных губерниях России фамилия Кудяшев почти наверняка восходит к имени Никодим.

С точки зрения социальной истории, Кудяшевы — это, скорее всего, крестьянский или мещанский род. Фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский и не указывает на владение землёй (как, например, Кудяшевский). Она образована от уличного или домашнего прозвища, что характерно для непривилегированных сословий, у которых фамилии закрепились позже — в основном после отмены крепостного права в 1861 году. В документах XVI–XVII веков эта фамилия не встречается в боярских списках, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «кудяш» могло означать не только человека, но и предмет — например, так называли узел, куль или мешок с поклажей. Если прозвище дали не по имени, а по внешности или привычке, то Кудяшом могли окрестить неуклюжего, неповоротливого человека, который «ходит, как мешок несёт». Эта версия, однако, менее надёжна и документально не подтверждена, но в народной этимологии встречается.