Фамилия Куфлин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «куфл» — не встречается в современном русском языке в качестве самостоятельного слова, поэтому разбирать её приходится через диалекты и исторические варианты произношения.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Куфля, Куфло. В русских говорах (особенно северных и сибирских) «куфля» или «куфляк» — это неуклюжий, мешковатый человек, увалень. Слово могло звучать и как «кухля», что означало «неповоротливый, закутанный во много одежд». Таким образом, Куфлин — это потомок человека, которого за медлительность или грузность прозвали Куфлей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Куфлин, то есть сын или человек из рода Куфли.

Есть и другая, менее вероятная версия, связанная с заимствованиями. В некоторых западных диалектах «куфля» — это вид посуды, ковш или кружка. Тогда прозвище могло относиться к бондарю, изготовителю такой утвари, или к человеку, любившему выпить. Однако семантика «неуклюжести» встречается в источниках чаще и правдоподобнее для русского именника.

Фамилия очень редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России и на Урале, но не образует плотных гнёзд. В дореволюционных переписях Куфлины фиксировались как крестьяне и мещане, без привязки к дворянским родам. Поскольку основа нецерковная и неканоническая, фамилия возникла не раньше XVII века, когда прозвища начали активно закрепляться в качестве наследственных имён.

Однокоренных фамилий почти нет. Можно вспомнить разве что Кухлин (от «кухля»), но это отдельная ветвь. Куфлин стоит особняком — он звучит архаично и не даёт себя расшифровать с первого взгляда, что как раз и указывает на его диалектное, «домашнее» происхождение.