Фамилия Куфлина — женская форма, но в русской традиции она почти всегда восходит к мужской основе Куфлин. В центре внимания здесь суффикс -ин, который в восточнославянских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Куфлин, то есть сын или потомок Куфли. Сама основа «Куфля» — не имя, а прозвище, и его происхождение заставляет обратиться к двум версиям, причём одна из них заметно весомее.

Первая и самая прямая: прозвище Куфля связано с диалектным словом «куфля» — так в некоторых русских говорах (особенно южных и западных) называли кадушку, бочонок или деревянную посуду для кваса. Человек мог получить такое прозвище за плотное телосложение, за профессию бондаря или за привычку пить из большой посуды. Ономастический словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии от названий предметов быта — обычное дело, и «Куфлин» вписывается в ряд «Бочкин», «Кадушкин», «Ковшов». Географически это могло закрепиться в регионах, где слово «куфля» было в ходу, — например, в Смоленской, Брянской или Псковской областях, на границе с белорусскими землями.

Вторая версия — отголосок немецкого влияния. В немецком языке есть фамилия Kuffler (от Kufe — чан, кадка), и в эпоху Петра I или при Екатерине II в Россию переселялись ремесленники-бондари из Германии. Их фамилии могли русифицироваться: Kuffler через «Куфлер» превращался в «Куфлин». Однако эта гипотеза слабее: переход -ер в -ин нехарактерен для русской адаптации, обычно оставляли суффикс -ов (Куфлеров). Скорее всего, Куфлин — исконно славянское образование, а немецкий след — лишь случайное созвучие.

Что касается сословной принадлежности, то фамилии на -ин в основном носили крестьяне и мещане центральной России и Поволжья, реже — духовенство. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Куфлины, вероятно, были ремесленниками или сельскими жителями, и их прозвище отражало либо занятие, либо бытовую черту. Встречаемость фамилии сегодня невысока, что типично для редких диалектных основ.