Фамилия Кукандина — женская форма фамилии Кукандин, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или мирское имя Куканда. Сразу бросается в глаза суффикс -ин, один из самых распространённых в русской антропонимии: он указывает на принадлежность («чей?» — Кукандин, то есть сын или потомок Куканды). Такая модель типична для центральной и северной России.

Происхождение самого слова Куканда неочевидно, и здесь открывается поле для гипотез. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «кукан». В русских говорах так называют рыбу, обычно мелкую щуку, насаженную на кукан — бечеву или прут для хранения улова. Человек мог получить прозвище Куканда за профессию рыбака, за худобу (как «щука»), либо за манеру речи или поведения — в некоторых областях «куканить» значило ворчать или плакать. Суффикс -да в прозвищах (ср. Бурда, Говорда) придаёт экспрессивный, чуть снисходительный оттенок, так что Куканда — не формальное имя, а уличное прозвище, данное в быту.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где «кукан» могло означать какой-то предмет или звание, однако для фамилии, оканчивающейся на -ин, это менее типично: такие фамилии чаще образуются от славянских основ. Встречаемость фамилии Кукандина невысока, и её география, судя по открытым данным, тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где рыболовство было распространённым промыслом, а диалектная лексика сохраняла слово «кукан».

Таким образом, предок носителей фамилии Кукандин был, скорее всего, либо рыбаком, получившим прозвище по своему снаряжению или улову, либо человеком с неспокойным нравом, которого за глаза называли Кукандой. Фамилия редкая, но прозрачная по структуре, и её разбор даёт живую картину быта и языка русской деревни.